Verwoest
Tot aan de Tweede Wereldoorlog stond er in de kerk een orgel dat in 1769 en 1770 werd gebouwd door de gebroeders Wagner. Tijdens de Slag om Arnhem, op 19 september 1944, werd dit orgel volledig verwoest. Er is slechts één registerplaatje overgebleven. Barok
Na de wederopbouw van de Eusebius werd het Strumphlerorgel in de kerk opgebouwd. Dit orgel uit 1795 was afkomstig uit de Hersteld Evangelisch-Lutherse kerk aan de Kloveniersburgwal in Amsterdam. Het is het grootste werk dat orgelbouwer Johannes Stephanus Strumphler realiseerde. Het orgel is een prachtig voorbeeld van Duits-Hollandse barok. Dat is goed te zien aan de beelden en de decoraties. Het Strumphlerorgel werd gefinancierd uit de nalatenschap van zeekapitein Jan Bouwman. Die verdiende zijn geld mede door slavenhandel in de 18e eeuw. Vervuild
Het Strumphlerorgel kwam in de jaren vijftig naar Arnhem. Het werd eerst opgeslagen in de Paasbergkerk. Orgelbouwers Gebr. Van Vulpen bouwden het tussen 1960 en 1962 op in de Eusebiuskerk. In de jaren zeventig werd het orgel ingepakt, omdat de kerk opnieuw gerestaureerd moest worden. Daarna bleek het instrument ernstig vervuild. Na een grondige schoonmaak werd het pas in 1985 weer in gebruik genomen. De evenementen in de jaren negentig hebben het orgel geen goed gedaan, maar de waterschade in 2021 werd funest. Organisten
Het Strumphlerorgel kreeg vanaf 1929 grote bekendheid doordat organist Jan Zwart er wekelijks op speelde. Dat deed hij voor de radio – toen nog een heel nieuw medium. Later werd het orgel bespeeld door Feike Asma. In Arnhem was Johan van Dommele van 1962 tot 1995 vaste bespeler van het instrument. Hij werd opgevolgd door de huidige stadsorganist Johan Luijmes.